Он активно участвует в разработке конкретных биоинформатических методов, систематизации CRISPR, анализе геномов вирусов и микроорганизмов. Его научные работы регулярно цитируются в практической медицине, генетике и микробиологии.
Хотя Кунин пишет научные статьи, он также выпустил книгу "The Logic of Chance", где объясняет суть своей модели доступным языком. Он стремится популяризировать науку и вдохновить новое поколение мыслить масштабно и критически.
Кунин и его команда в NCBI активно анализируют реальные вирусные геномы, включая вирусы гриппа, COVID-19, бактериофаги. Он участвовал в работах по поиску новых вирусных систем защиты и иммунитета, включая малораскрытые типы CRISPR и другие белковые комплексы, что важно для создания новых биотехнологий и антивирусных стратегий.