Он был не только блестящим теоретиком, но и организатором науки. Он лично курировал важные проекты и был близок к реальной лабораторной работе.
Овчинников и его коллеги опирались на мировой опыт, но создали свою научную школу. Они первыми в СССР синтезировали гены, расшифровали строение ключевых мембранных белков и внедрили собственные методы работы с рекомбинантной ДНК.
Во многом благодаря Овчинникову СССР вошёл в число лидеров по генной инженерии и биохимии в 1980-х. Советские разработки в этой области начали применять в медицине и фармацевтике ещё до широкого распространения этих технологий в ряде стран.